Začal svou prvoligovou kariéru v Dynamu České Budějovice, kde odehrál několik sezón. Povinnou dvouletou vojenskou službu absolvoval v Dukle Praha, kde pak zůstal ještě jeden rok na hostování a poté přestoupil do pražské Sparty. Zde si jeho pracovitosti a výkonů především v defenzivní práci všimli trenéři z Německa a Jiří se stěhoval do německého bundesligového Schalke 04.
Tady působil společně s dalším Čechem Radoslavem Látalem a zahrál si i v evropských pohárech, vyhrál Pohár UEFA v roce 1997. Po několika sezónách se vrátil do České republiky, zájem o něj měla Sparta, ale on překvapivě kývl na nabídku klubu Chmel Blšany, odtud o rok později přece jenom přestoupil do Sparty a profesionální kariéru ukončil v žižkovské Viktorii.
V sezóně 2005/2006 si ještě zahrál divizi v dresu FK Dobrovice.
rn Kluby, v nichž Jiří Němec působil: rnrn 1981–1987 : Dynamo České Budějovice rn 1987–1990 : Dukla Praha rn 1990–1993 : AC Sparta Praha rn 1993–2002 : Schalke 04 rn 2002–2003 : Chmel Blšany rn 2003–2004 : AC Sparta Praha rn 2004–2005 : Viktoria Žižkov rnrn rn V reprezentaci byl důležitým hráčem, stal se vicemistrem Evropy na Euru 1996, poté vedl tým jako kapitán v neúspěšné kvalifikaci na světový šampionát v roce 1998.